01 - Mehl, Salz und Muskatnuss in einer großen Schüssel vermischen. In die Mitte eine Mulde formen, Eier und Milch hinzufügen. Mit einem Holzlöffel oder Handrührgerät zu einem glatten, dickflüssigen Teig verrühren. Zehn Minuten ruhen lassen.
02 - Einen großen Topf mit Salzwasser zum Sieden bringen. Den Teig portionsweise mit einer Spaetzlepresse oder einem grob gelochten Seiher direkt ins Wasser drücken. Die Spaetzle 2–3 Minuten kochen, bis sie an die Oberfläche steigen. Mit einem Schaumlöffel herausnehmen und beiseitestellen.
03 - Butter in einer großen Pfanne bei mittlerer Hitze schmelzen. Zwiebeln hinzufügen und unter regelmäßigem Rühren etwa 15–20 Minuten goldbraun und karamellisiert braten. Mit Pfeffer würzen.
04 - Backofen auf 375 °F vorheizen.
05 - Eine 9x13-Zoll Backform mit etwas Butter ausstreichen. Die Hälfte der Spaetzle in die Form geben, darauf die Hälfte der karamellisierten Zwiebeln und jeweils die Hälfte von Emmentaler und Gruyère verteilen. Die Schichten wiederholen. Nach Wunsch die Sahne über die oberste Schicht gießen.
06 - Unbedeckt 20–25 Minuten backen, bis der Käse gut geschmolzen und goldfarben ist.
07 - Vor dem Servieren mit gehackten Kräutern garnieren.